Antkillerfarm Hacking V7.0

新冠肺炎(五)——病毒变异

2021-05-07

口罩(续)

3M公司的全称是明尼苏达矿务及制造业公司(Minnesota Mining and Manufacturing Company)。

https://mp.weixin.qq.com/s/wE69bNC7DicO6kSWhsfq2A

全球新冠确诊破200万,我们为什么比以往更需要3M?

https://mp.weixin.qq.com/s/Fkcbb-4LC_NsVJHCM-zRWQ

3M:世界上最不务正业公司——不只是口罩,好像哪里都离不开他!芯片制造也需要3M!


https://mp.weixin.qq.com/s/IVmgIp-LC6JiqfyCfXBJhg

口罩惊险史,听说内衣也可以“救急”?

https://mp.weixin.qq.com/s/WoQyr__tUBJ6HQrj3lnZuw

一图彻底了解怎么戴口罩!国家卫健委图解《不同人群预防新型冠状病毒感染口罩选择与使用技术指引》

https://mp.weixin.qq.com/s/lekdAyT0woQGwSO-xDSAMA

“疫不容辞” 这些电子厂“转型”口罩厂

https://mp.weixin.qq.com/s/iC0p5jFbZfoFAPL82zJAkQ

中国能生产多少口罩?解析从石油到医用口罩的制造流程

https://cj.sina.com.cn/articles/view/1650111241/625ab30901900p4r1

为什么口罩还是不好买?原来……

https://mp.weixin.qq.com/s/2LMnpJtSvO0KEDZ3GBtrog

为什么全国口罩日产量超1亿个,你却连1个都买不到?看完我惊了…

https://mp.weixin.qq.com/s/pSYJizQDQP_T2-krWPGUoA

疫情下的口罩“疯狂制造”:物料飚涨40倍, 3天回本“印钞机”

https://mp.weixin.qq.com/s/AjSjXgrKug6XpfUhmQX0kA

75天疫情产生260000吨医疗垃圾,去哪了?谁赚了?

https://mp.weixin.qq.com/s/i0o9Xb-AViIZ8DGMOtDaig

被英国首相点名后,戴森承诺造15000台呼吸机

https://mp.weixin.qq.com/s/OuyBccDAzMiH6yLc1vtgOQ

一张图告诉你:全球离“口罩自由”还有多远?

https://mp.weixin.qq.com/s/_S-GY-1ZiG2OBGMcg5sXUg

抗疫重器呼吸机原理浅析

https://mp.weixin.qq.com/s/swrxHw76In_Zr_GFm8ieXw

N95之父华裔科学家Peter Tsai教你如何正确戴口罩

https://mp.weixin.qq.com/s/O4RavwRUPbwXq8mDZTaA6w

全球疯抢的呼吸机,其产业链啥样?

https://wxn.qq.com/cmsid/TEC2020041800124100

供应断链卡脖呼吸机:核心零部件靠进口订单排到8月

https://mp.weixin.qq.com/s/tLljo8q-1eybDIk7CLQiSA

滴~37℃(温度计、额温枪、红外线测温仪,它们都是怎么测量体温的呢?)

https://mp.weixin.qq.com/s/SwYQFBv5lnej0g08bsBF1A

“英伟达呼吸机”开源:计算机架构大师打造,成本暴减98%,黄仁勋点赞

病毒变异

变异毒株的信息可搜寻以下网站:

https://www.who.int/en/activities/tracking-SARS-CoV-2-variants/

Tracking SARS-CoV-2 variants。这是WHO的官方网站

https://nextstrain.org/

该站跟踪各种病原的演进

https://outbreak.info/

这是来自Scripps Research的几位科学家创办的COVID-19专题站。Scripps Research是美国最大的私立非营利性的生物医学研究机构,成立于1924年。

https://cov-lineages.org/lineage_list.html

变种列表


PANGO命名法:

A和B表示武汉最早测序获得的2个原始株序列。由A系演化来的病毒的第一个分支被命名为A.1,第二个为A.2,以此类推;由A.1系演化来的病毒的第一个分支被命名为A.1.1系,第二个为A.1.2系,以此类推。B系同理。

当分支进化到第4阶时,就会以新字母开头。以一个具体的例子来说明,B.1.1.1.1被写作C.1,这里C就代表了B.1.1.1。

当新字母再次达到4阶分支的时候,命名将再次以同样的方式获得新字母。以一个具体的例子来说明。BF.7实际上是BA.5.2.1.7在达到4阶分支时的缩写(其中BF即BA.5.2.1),而BA.5.2.1.7又可以进一步扩写为B.1.1.529.5.2.1.7(其中BA即B.1.1.529)。

重组株不直接来源于A和B所演化的分支,可由两个距离较远的分支重组构成,为作区别,以字母X开头命名重组株。

https://www.zhihu.com/question/566190005

奥密克戎发现至今一年多了,为什么没有新的大变异?


大概在年初,新冠发生过一次重要的变异,就是D614G,在最早武汉上传的病毒序列中,这个位置的氨基酸编码是天冬氨酸(Asparagine,缩写为D),也就是D614,而后来该位置发生了变异,氨基酸变成了甘氨酸(Glycine,缩写为G)。而变异后的结果就是这个突变株获得了更大的生存优势,更容易感染。

https://www.zhihu.com/question/26658191

南方汉族中Y染色体的相同率较高,线粒体DNA的相同率很低,是否说明北方汉族对南方男性进行过灭族屠杀?

https://mp.weixin.qq.com/s/TE7sPT-8sAyzsV7vPWYmtA

南非新冠病毒变体快速传播,哪些值得注意?

https://www.zhihu.com/question/435655677

新冠病毒在英国变异后传播力高出70%,这该怎么防范?变种病毒会导致更高死亡率吗?

https://mp.weixin.qq.com/s/C8FF1OevQbsAtGFKJgN1jA

令英国“大惊失色”的新冠病毒变异,是怎么回事?

https://mp.weixin.qq.com/s/JUTXnFZ1z9lCw93EljKcIA

俄罗斯女子体内的新冠病毒出现了18种变异?

https://www.zhihu.com/question/442576779

英国发现的新冠病毒变种再次发生突变,影响如何?

https://www.sohu.com/a/463192238_162758

专家释疑:印度变异新冠病毒为何让人口鼻流血?

https://mp.weixin.qq.com/s/QCANG1e86-JSsnKbyMXYRw

“反季节爆发”才是印度当前疫情最可怕的特点

https://mp.weixin.qq.com/s/MNRHzK0sz65U_QGGMYNe-A

“双重突变” 的新冠病毒,对印度疫情恶化影响几何?

https://zhuanlan.zhihu.com/p/383389024

也许,最可怕的VOC并不是B.1.617.2

https://www.zhihu.com/question/466493389

尼泊尔发现新冠变种毒株Delta的新突变,传播速度或更快,将对全球疫情进展带来哪些影响?

https://mp.weixin.qq.com/s/g9gPLEN6R02F49eRGGSuAA

来势汹汹:新冠Delta突变株是什么,我们该如何应对?

https://mp.weixin.qq.com/s/o7Eq7xoxqM_fOlS9HiZ_OA

新冠大流行,哪些关键突变株值得关注?


事实上,美国人嘴从来都不把门的。

他们经常把B.1.1.7叫做British variant或者Kent variant;

经常把P.1叫做Brazilian variant;

经常把B.1.1.138叫做Nigerian variant;

甚至经常把B.1.429叫做Califonia variant,经常把B.1.526叫做New York variant。

新的变异毒株叫做AY.1。最早是在尼泊尔珠峰大本营紧急下撤的感染者身上发现的。

所以英国佬给它取了个文艺范儿的外号,叫做“登山家变异株”(mountaineers variant)。

体会一下美国队的板凳深度:

https://www.zhihu.com/question/464038841

为什么美国疫情最严重,但却鲜有变异病毒的报道?


其实吧,19个变异点位真没啥稀奇的……

比如说啊,快要销声匿迹的B.1.616,它有29个变异位点。

英国发现的某个连名字都没资格拥有的variant,有28个变异位点。

意大利那不勒斯某个同样无名无姓的variant有25个变异位点;

美国纽约已经灭绝快一个月的B.1.604有24个变异位点。

都混得挺惨……

而且,就算S基因上有多重“危险”变异位点,也不一定就能变身毒王了……

最典型的例子是菲律宾的P.3,第一眼印象让人直呼好家伙,这尼玛是人间凶器集合。但现在回头一看,似乎也不是太能打的样子…

还有英国的AV.1,卖相也很恐怖,实际就是一匹废柴。

反之,S基因变异位点不起眼的家伙里面,却不乏牛鼻的。比如印度的B.1.618。

https://www.zhihu.com/answer/1893818645

如何看待中非传出的新冠病毒?


当初英国人拿赛默飞的PCR试剂盒测B.1.1.7,这货可以识别B.1.1.7的S基因69-70缺失突变特征(S:DEL69-70),因此省去了又贵又慢又娇气的全基因组测序步骤;

然后机智的耶鲁研究人员表示,他们发现,DEL3675–3677这个缺失突变,刚好是三种VOC共有的,于是他们开发出一种PCR试剂盒,可以针对ORF1a:DEL3675–3677进行识别。他们认为这样就能一次性搞定当时市面上三种VOC。

结果呢,机智的耶鲁研究人员又一次被病毒调戏了。这个缺失突变,它几乎就是市面上各大高危毒株的标配,C.37当然也不例外。

所以可以合理推测,但凡拿耶鲁这个PCR测出来的P.1流行率,都有水分,里面混了不知道多少C.37(以及其他毒株)。


delta快速取代原有流行毒株本来就是正常情况。

没有发生这种快速取代的那些少数例外,可能反而有大问题。

delta进入巴西,delta被挤没了……

delta进入秘鲁,delta又被挤没了……

delta进入智利,delta再次全军覆没……

delta进入阿根廷,delta欲哭无泪……

delta进入埃及,delta(可能)还是被挤没了……

delta进入博茨瓦纳,流行率死活没法过半(然而隔壁南非和纳米比亚早已陷落)


就以英国为例吧,大流行的头两年,基本上全年爆两到三波的样子;结果到了2022年,时间轴顿时调整到快进模式,6个月时间爆了三波可还行:

先是BA.1把Delta拍死在了沙滩上,

然后BA.2又把BA.1拍死在了沙滩上,

接下来BA.5马上就要把BA.2拍死在沙滩上……

现在BA.5都还风头正劲呢,下一波毒王的有力竞争者BA.2.75就已经早早就位。

Omicron正在演化成为人类专属病毒,作为代价,这货在小鼠/仓鼠这些动物身上的表现全面拉胯了。

https://mp.weixin.qq.com/s/AYluJy1DzLhPPreN6JTxeQ

新冠病毒是在越变越弱吗?


此前Alpha→Delta→BA.1→BA.2→BA.5,是非常清晰的单一毒株的依次更替。但今年9月份以来,这种规律已被打破,各类突变株百花齐放,上百种突变株在全球范围内同时出现,且每种突变株与BA.5相比都具有增长优势,这种新冠病毒进化现象是前所未有的。

新冠现在的免疫逃逸能力,毒力对半砍不会太影响它的传播;致死率十倍也不能构成有效选择压。潜伏期传播出去就不需要管宿主死活了。

天花传染力点满,致死率也没低到哪去,如果不是唯一短板,自身结构稳定没咋异变,也不至于和人类共存了几千年,堂堂甲类传染病被人类疫苗围剿没了。

Fork me on GitHub