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2024-10-11 :: 3662 WordsAlphaFold
2024.10.9 David Baker、Demis Hassabis和John Jumper获得诺贝尔化学奖。
David Baker，1962年生。Harvard本科（1984）+UCB博士（1989）。华盛顿大学教授，美国科学院院士。
Demis Hassabis，1976年生，英国人。University of Cambridge (BA,1997)+University College London (PhD,2009)。英国皇家学会院士。DeepMind创始人&CEO。
John Jumper，1985年生。Vanderbilt University (BS,2007)+University of Chicago (PhD,2017)。DeepMind研究员。
https://mp.weixin.qq.com/s/xi_iIr6NdC3QOpjypx3pGg
AlphaGo之后，DeepMind重磅推出AlphaFold：基因序列预测蛋白质结构
https://zhuanlan.zhihu.com/p/415200429
解读AlphaFold优点和不足
https://www.zhihu.com/question/433443455
alphafold2的结果对于毕生研究蛋白质折叠问题的David Baker大牛是否是一个打击？
https://mp.weixin.qq.com/s/ZIw8NQfE8Spv1_RWknhipA
为什么说AlphaFold2足以改变全人类？
2016年秋天，许锦波在研究所召开了一个小型报告，邀请了芝加哥大学生物物理系合作者。其中有一位名叫John Jumper的年轻人，听完报告后决定转向深度学习方法。两个月后，他加入Deepmind，成为AlphaFold的团队带头人。
https://mp.weixin.qq.com/s/x0AnmUt5gRYx-ZCEAb1GAg
AI预测蛋白质结构第一人 许锦波：十年冷清终不渝，一个计算生物学的拓荒者
施一公从他开始评上院士，就有很多人质疑他的水平不够。他是做啥的？蛋白分子解析的，说的简单一点，就是用冷冻镜解析蛋白结构，这是个苦力活，用冷冻镜观察蛋白结构，从中分析出来一些东西，然后记录一下发篇Nature。这个东西有用吗？据说有用，但是现在还没用上。如果施一公能够把他研究的东西用上，比如说治疗某种疾病？甚至预防某种疾病？或者研发出某种药物等等，那么他当上院士就是当之无愧的，但可惜，目前还没什么用？而且这个理论也不是他提出来的，他只是应用者。
我记得有一个科学家说过一句话，具体是谁忘了：“中国科学家目前的状态就是，耗费大量的时间和金钱去验证国外的科学家（他们的国外导师）所提出的理论的正确性，为他们获得诺奖提供证据。”
施一公所做的也是这个工作，包括科大搞量子通信的潘建伟院士，他们所做的就是验证他们老师所提出的理论是否正确，并且应用这个理论做一些实验。
颜宁施一公的工作 = 手工织衣服
DeepMind的AlphaFold = 珍妮纺织机
这么几十年，所有的几千名结构生物学家才解析19万个蛋白质，DeepMind一年直接上亿，打破了原有的行业发展。
AlphaFold两个主要大佬Demis Hassabis和John Jumper在2023年获得豪华版诺奖：科学突破奖。
在ChemistryViews网站的一项调查显示，John Jumper也成为全球呼声最高的诺奖建议者名单的科学家，不过从历史来看，诺奖最短获奖时间是6年，因此AlphaFold目前只问世2年，还需要时间来验证其跨时代性。
DeepMind展示了工业化集团攻关的科研形式，相对于传统的一个教授（领主）带几个学生（佃农）的封建式科研形式的优越性。
至AlphaFold2问世之后，各国顶级投资人，政府机构，生物制药企业，原本拨给传统结构生物学的90%以上的经费，划拨给生物AI的实验室。
施一公自己想必也很清楚，用蛋白质结构设计药物这件事情早在半个世纪以前就被提出来了，目前市面上根据蛋白结构设计出来的药物数量为0。
八年前颜宁在解出葡萄糖转运蛋白GLUT1的结构以后说可以设计药物饿死癌细胞，后来又说要饿死疟原虫，八年过去了，药物在哪里呢？除了饿死被他们骗着学生物的学生，啥都饿不死吧……
施一公曾公开表示：压死骆驼的最后一根稻草，是鼓励科学家创业，后来自己却创立了一家制药公司。。。
10年前我读书的时候，我们院系有老师是做核酸检测的，因为那个时候不是啥显学，整个学科被11g抢资源抢的非常苦，简直是仇深似海。
解析晶体结构且只解析晶体结构，是一项复杂的简单工作，是一件体力劳动远多于脑力劳动、重复性极高且成功率不低的技术工作。既然选择了这样的工作，就不要再把自己包装成具有深邃思考的科学大家。
一句话概括施老师颜老师的Research：基于电镜技术的热门蛋白质三维结构的解析工作。
科学大家可能会有很多CNS，但有很多CNS的，不一定就是大科学家。
不料谷歌人工智能程序今年把已知的上亿种蛋白质的结构全破解了，大部分结果和用实验获得的一样好，以后只会越来越好，而且开源谁都能用。于是颜宁的专业就悲剧了，当然不会马上失业，但没前途是肯定的。而她除了解析蛋白结构又不会干别的，没法转行做功能生物学研究，毅然回国当学官、学商是最佳选择。
2000起基本每三年就有诺贝尔化学奖颁给结构生物学成果（2003离子通道，2006真核生物转录，2009核糖体结构，2012 G蛋白偶联受体），自从十年前冷冻电镜成熟运用后一次都没有再发给结构生物学研究，虽然近十年有大量之前无法搞定的重要蛋白/复合物结构都被解出来了。
alphafold不止对结构生物学领域起了很大的影响，还有分子对接领域，这个领域是纯计算的领域，因为同属于计算领域，可以说alphafold快完全干掉了传统的分子对接方法。有个在领域的德国教授私下说，他现在也没什么办法，都这么大年龄了，自己做了一辈子传统方法，也不可能再转去学和做深度学习。然后我就在想，我作为年轻人，根本不会想这些，总觉得自己能随时跟上时代，也不需要太大投入成本，但是人是抵不过岁月和成本的。
https://www.zhihu.com/answer/2739900394
如何看待颜宁宣布即将辞去普林斯顿大学教职，全职回国，出任深圳医学科学院创始院长？
https://www.zhihu.com/answer/2737553223
为什么现在网络上对施一公的风评变得这么差？
真垃圾筐+
大概2005年的时候，BBC在国内拍了一部三集电视纪录片《替代疗法：针灸》，讲得便是上海某医院做心脏手术不用麻药，只在内关、合谷、云门三个穴位扎六根针就行的故事。BBC的摄影记者全程记录，从手术准备到病人出院为止，全程不停，力求客观真实。为了证明病人在术中是清醒的，麻醉师用手指碰了碰病人的额头，几秒钟后，病人睁开眼对着摄像机示意，BBC的记者大感震惊，手术果然没有使用麻药。手术结束后，病人接受采访表示：“整个手术中除了人有点迷迷糊糊外，一点也不觉得痛”。
不过回国之后，英国的专家感觉到不对，病人表示手术中一直是迷迷糊糊的，这似乎不是针灸的功效，而像是麻醉剂的效果。仔细分析之后，专家们发现医生在进行针刺麻醉前，给病人输入了强效阵痛药物芬太尼，强效镇静药物氟哌利多和外科手术中常用的诱导睡眠药物咪达唑仑，病人感到迷糊，其实是咪达唑仑造成的。同时，医生在手术处注射了大量的局部麻醉剂，三种强效阵痛、镇静药物再加上局部麻醉剂，患者当然不疼了。
https://www.zhihu.com/question/727576192
如何看待中医的柳条接骨术？
那时候央音老师手下，能考上央音的学生是有名额限制的。
你有钱有才华最好，考上央音，你们开心，我也有钱拿。
有钱没才华也行，反正学费充足，没钱没才华呢，就随便教教，到时候不占用名额。
最讨厌的是郎朗这种有才华没钱的，去考试，肯定能考上，占用老师名额，还不给钱，这老师巴不得郎朗放弃直接走掉，可是郎朗听了半年责骂都没放弃，最后这老师忍不住了，只能直接明说，把郎朗扫地出门了。
央音选了5个孩子去德国，郎朗没选上，后来郎朗自费去比赛，得了冠军，最后留在国外了。
以色列的化学家Dan Shechtman，因为和一个两届诺贝尔奖获得者Linus Pauling意见不合，一直在美国学术圈被针对成为众人口中的笑柄，”这个世界上没有准晶体，只有准科学家”，只能龟缩在以色列搞科研。后来大佬去世了，压不住了，越来越多的人开始做准晶体，最后2011年拿下诺贝尔化学奖，而且是比较少见的独享，因为学阀一直压制和欺负这个领域，所以连其他贡献者都不太容易找……
上世纪80年代，“大师”严新想进清华当教授，清华校长张效文指着抽屉对他说：“聘书就在抽屉里，你发功把它拿出来，我马上批准你的教授申请。”
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