病毒（一）
2022-01-14病毒
正义单链RNA病毒：冠状病毒科就属此类，包括能够感染动物的冠状病毒，会引发我们普通感冒的温和的冠状病毒，以及导致了SARS、MERS和此次疫情的三种厉害的冠状病毒。它们的遗传物质都是一条长长的RNA单链，入侵细胞后扮演了信使RNA的角色，欺骗细胞以它们为模板来生产病毒的蛋白质。
负义单链RNA病毒，其中包括了很多可怕的病毒，比如狂犬病毒和埃博拉病毒。它们的遗传物质虽然也是RNA单链，但是如果直接拿来生产蛋白质的话，核糖体机器一定“读不懂”。因为它们的RNA单链相当于细胞信使RNA的互补链，无法直接翻译成蛋白质的肽链。所以这类病毒的RNA进入细胞后，要先通过病毒自己带进来的RNA聚合酶，生产出互补的正义链，才能诱骗细胞开始生产病毒蛋白。
逆转录病毒逆天改命，能够利用自带的逆转录酶，以自己的基因组RNA为模板，合成出对应的DNA来。这个过程就叫做“逆转录”，因为它逆转了从DNA转录为RNA的“中心法则”。
当“逆转录病毒”侵入一种动物体内，它就会把遗传物质插入这种动物细胞的DNA当中。这样，它就完成了一次遗传物质“包裹”的“送货”服务。
有趣的是，这次“送货”还只是一个开始。当这种动物的细胞分类的时候，会同时把自己的DNA和入侵病毒的DNA都复制一遍，然后传递下去。
还有的时候，这些病毒的DNA还会稳定地待在细胞里面，从一代传给下一代。这就形成了“内源性逆转录病毒”。
实际上，像这样的“内源性逆转录病毒”一直在反复入侵我们人类的基因组。
我们每个人的基因组中都携带了将近10万个“内源性逆转录病毒”的DNA片段，这些片段占到人类DNA总量的8%。如果作为比较的话，那些负责蛋白质编码的基因，只占到了1.2%。
也就是说，我们的基因组，可以说是个“病毒泛滥”的地方。但恰恰是这些泛滥的病毒，成就了今天的我们。
科学家曾经惊讶地发现，某种病毒中的一个基因，能合成一种叫做“合胞素”的蛋白质，而这种蛋白质能形成一种东西，那就是胎盘。
这意味着，一种新型的生命形式——“哺乳动物”，有机会出现在地球上了。
参考：
https://mp.weixin.qq.com/s/xSlN-BOGNB3pI5sPfqdbcg
癌细胞也能玩 “特洛伊木马计”，靠的是什么？
古典猪瘟于1810年最早爆发于美国，是新大陆出现的猪类病毒性疾病。其在1820年代传入欧洲，相继在法国、德国爆发，一路传到了欧亚大陆的东端。虽然此后一百年，人类开发出了针对这种猪瘟的血清，但古典猪瘟仍然没有被完全消灭，至今仍时有患病猪出现。
ADE效应（Antibody Dependent Enhancement，抗体依赖增强）：以登革热病毒为例，其流行的病毒株有四种亚型，如果病人曾经感染过某种亚型，在被其他亚型感染时，有高达80倍的可能性会发生更严重的症状。这就是因为ADE：体内已有的非中和性抗体虽然包裹了病毒，却无法将其杀死，反而保护了其免受其他免疫细胞的攻击。
以此类推，倘若这次的疫情，届时会由疫苗成功控制。那么我们这一代接种了新冠疫苗的人，难道会成为下一批某种冠状病毒流行时ADE的受害者？
https://www.zhihu.com/question/386126167
什么是ADE效应？
抗原原罪(original antigenic sin)，又称霍斯金现象(Hoskins effect)，是指身体免疫系统在遭遇到与初次感染有些微不同的外来物(如病毒或细菌)时，倾向利用初次产生的免疫记忆，而非再次产生免疫反应的一种特性。这会使免疫系统“受制于”初次抗原引起的免疫反应，而不能针对之后的抗原感染产生最有效的反应(前提是两次接触的不同抗原仅能有些许差异)。
https://www.zhihu.com/question/30144196
为什么会有抗原原罪说（original antigenic sin）？
https://mp.weixin.qq.com/s/n0QcYI8hdnEG2LBRgoKDzw
新冠肺炎会随着夏天的到来，自然消失吗？
https://zhuanlan.zhihu.com/p/126541018
病毒与宿主的“相爱相克”
澳洲本来是没有兔子的。1859年，英国人Thomas Austin在墨尔本附近释放了24只从英国带来的家兔，或者说穴兔（Oryctolagus cuniculus），这样无聊的移民就可以打猎兔子取乐。
澳洲野兔对当地生态和农业却造成了严重威胁。1933年，澳洲著名科学家Dame Jean Macnamara提出，兔粘液瘤病或可一战。
1950年，澳洲政府决定用兔粘液瘤病毒来剿灭野兔。在病毒释放后的三个月里，兔兔的数量下降了99.8%，数亿兔兔死去，澳洲的畜牧业和农业得以喘息。
几年的兔粘液瘤病的大清洗后，澳洲劫后余生的兔子对这种病产生了一定的免疫力。
教材倒是没说错，兔粘液瘤病毒对土澳穴兔的死亡率从99.8%降到了五到七成左右，但教材没说的是，兔粘液瘤病毒的演化并没有因为登上了教材就停止脚步。
现在，土澳的兔子们感染粘液瘤后的病死率还是五到七成，但兔子们的死因却发生了彻底改变。
以前绝大多数兔子都死于皮肤粘液瘤，现在绝大多数兔子都死于细菌感染造成的败血性休克。。。
1950年最初引入土澳的SLS毒株，毒力等级为grade 1，妥妥的大毒王。
然后刚刚过了两三年时间，由于兔兔们英勇不屈地肉身抗疫，市面上已经出现了毒力等级为grade 5的新株型，纯纯的MILD。
这有什么卵用吗？并没有~
SLS原始株花了不到50年时间，一口气分化成了十几种不同株系，其中既包括了毒力等级5的低毒力株系，也包括了毒力等级1的大毒王株系。
甚至连疾病表型都分化成四类截然不同的症候群。低毒力株系和高毒力株系相安无事，井水不犯河水，大家一起霍霍小兔兔，岂不快哉？
https://www.sohu.com/a/459283092_119097
医生给两只小兔打了病毒，没想到全国90%以上的兔子很快都死了
https://www.zhihu.com/answer/1978966769
如何看待英国疫情新增?
https://www.zhihu.com/question/53956665
澳大利亚为什么会野兔成灾？
https://www.zhihu.com/question/527422063
新冠有没有可能毒性再降一档，如果再降一档，是否就真跟流感差不多了？
马立克氏病毒(MDV，一种鸡病毒。），这是有史以来最致命的病原体之一。
如果碰上毒性最强的毒株，所有没有接种的鸟类都会在十天之内死亡。还没有任何人类病毒具有这种烈度。哪怕是埃博拉也没法在十天内杀死所有人。
这是“不完善疫苗假说”（imperfect vaccine hypothesis）第一次得到实验证明。根据这一假说，造成MDV毒力增强的根本原因在于，MDV疫苗是一种“泄露型”疫苗（leaky vaccine）——也就是说它可以保护宿主不发生重症，但没法阻止疾病传播。作为对比，一种“完善疫苗”（perfect vaccine）则可以既阻止发病也阻止传播。
然后，在接下来的半个世纪，这种疾病逐渐变得越来越恐怖。现在它足以让鸡的脑组织迅速烂成一摊浆糊。
假设某种疫苗的保护效力VE=90%。
一种可能性是100个人接种，其中90个人接种之后获得了100%的保护力（高危暴露之后绝不发病），另外10个人则很不幸没有获得任何保护力；
还有一种可能性则是，100个人接种，100个人都获得了90%的保护力，每个人高危暴露之后都有10%可能性发病。
我们把前一种情况叫做”all-or-nothing vaccine”，后一种情况则叫做”leaky vaccine”。
https://www.zhihu.com/answer/2035495406
不是说传染病会越传播越弱吗？为什么新冠传播性越强的病毒杀伤力越强？
1950年代之前一桶浆糊的大麦克香蕉，几十年时间被尖孢镰刀菌干到几乎灭族灭种，如今只剩一小撮独苗，苟活在东南亚几个种植园里头，那么，尖孢镰刀菌有没有因为担心陪葬而手下留情呢？
显然完全没有，刚好相反，这玩意儿还在变着法子突变，一心要霍霍大麦克的接班人——卡文迪许香蕉。
乌干达和卢旺达的大猩猩们直接被埃博拉病毒给干挺了，整个种群挂掉93%。
澳洲特产贝林杰癞颈龟，2015年这个物种发生某种神秘病毒感染，几个月时间就减员90%，苟延残喘5年之后，全世界只剩下150只贝林杰癞颈龟，还全都苟在动物园和研究所里，该种群已经喜提功能性灭绝标签。
向日葵海星曾经是整个北美东西海岸遍地都是的泛滥物种。从1978年起，被前后三次SSaDV疫情大爆发日掉90%以上，加州湾的向日葵海星更是完全灭绝。
小兔兔和RHDV了解一下？1984年刚刚发现的时候，RHDV的病死率还在40%的水平徘徊，后来呢，不知为啥，毒力居然没有如大伙儿期望的那样逐渐减弱，反而一路走高，现如今已经涨到了80-100%。。。
https://mp.weixin.qq.com/s/H_JsN9CBDEaFZLaNO6u3_A
所以，病原体真的一定会越传越温和吗？
今年年初的西非埃博拉疫情爆发，后来测序结果显示，源头是5年前上次爆发的某个康复病例体内有病毒驻留，今年复发死亡，葬礼上传染了一堆人……
同为冠状病毒的FIPV（猫传腹病毒），拿手绝技就是长期肠道驻留，然后随机突变，一旦突变发病就是死…
PRRSV（猪蓝耳）是单股正链RNA病毒，具有RNA病毒复制时缺乏校对机制的特点，在病毒复制时容易发生碱基缺失、插入、替换等突变现象，而且PRRSV具有多个高变区，使得病毒的突变率大大增加。并且，在蓝耳病野毒株感染，蓝耳病弱毒疫苗毒株众多，高频次不科学使用等因素的作用下，PRRSV毒株间重组现象越来越严重。当前蓝耳病田间优势毒株NADC30-like毒株，更易发生重组变异。PRRSV高度变异、易重组的特点使得PRRS防控难度不断加大，给养猪业带来了持续的、严重的经济损失。
